Ο Μάρκος Παγδατής γεννήθηκε στο χωριό Παραμύθα της Λεμεσού στις 17/6/1985. Ο πατέρας του είναι Λιβανέζικης καταγωγής και η μητέρα του Ελληνοκύπρια.
Από την ηλικία των 5 ξεκίνησε να παίζει τένις με τον πατέρα του και τα αδέλφια του. Στα 11 του κατάλαβε ότι η αντισφαίριση ήταν κάτι πολύ περισσότερο από ένα παιχνίδι για τον ίδιο. Από τα 14 του χρόνια ήταν πολύ ανώτερος από τα παιδιά της ηλικίας του. Οπότε οι γονείς του αποφάσισαν ότι πρέπει να μεταβεί στο εξωτερικό για μεγαλύτερες ευκαιρίες ανέλιξης. Εξασφάλισε υποτροφία και έφυγε στην Γαλλία.
Το 2003 ήταν ο Παγκόσμιος πρωταθλητής εφήβων. Την ίδια χρονιά γίνεται επαγγελματίας.
Το 2004 στο US Open πραγματοποιεί τη πρώτη του εμφάνιση σε Grand Slam.
To 2006 ξεκίνησε με τον αρ. 54 στην Παγκόσμια κατάταξη. Το παιχνίδι του συνέχισε να βελτιώνεται και να αναβαθμίζεται. Νίκησε τον Αμερικανό Andy Roddick, συνέχισε με νίκη επί του Αργεντινού David Nalbadian.
Φτάνει για πρώτη φορά σε τελικό Grand Slam. Στο Γουίμπλεντον καταφέρνει να φτάσει στον ημιτελικό χάνοντας από τον Ραφαέλ Ναδάλ. Στο China Open καταφέρνει να νικήσει τον Κροάτη Mario Ancic και να αναδειχθεί νικητής της διοργάνωσης.
Το 2007 κατέκτησε το τουρνουά στο Ζάγκρεμπ κερδίζοντας τον Ιβάν Λιούμπισιτς.
Ο Παγδατής αγωνίζεται στην Γερμανική Bundesliga από το 2021. Ανακηρύχθηκε πρωταθλητής Γερμανίας το 2022 και 2023.
Το 2005 ανακηρύχθηκε ως Κύπριος αθλητής της χρονιάς και το 2007 η Ένωση Αθλητικογράφων Κύπρου του απένειμε το Βραβείο του Άριστου Αθλητή.
